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Au début de la guerre civile espagnole en 1936, le soulèvement militaire nationaliste de Franco, soutenu par l’Allemagne et l’Italie, contre les républicains appuyés par la France et la Grande-Bretagne, provoque une situation de crise internationale et la Confédération suisse tente de rester neutre. Cependant, dans les faits la Suisse entretient d’étroits liens avec l’Espagne en guerre et l’Espagne franquiste de manière non-officielle. Dès que la victoire semble être aux mains des nationalistes, la Confédération confirme son soutien à Franco avec plusieurs actes. Puis, la Confédération aide financièrement Franco. Enfin, elle reconnaît officiellement l’État franquiste, avant la majorité des autres démocraties (excepté l’Angleterre), le 19 février 1939.
L’Axe ayant perdu la Seconde Guerre, l’Espagne se retrouve isolée politiquement et la Confédération, mal perçue pour sa collaboration avec l’Allemagne durant la guerre, ne peut continuer à soutenir le régime nationaliste de Franco et s’en éloigne temporairement en interdisant à nouveau l’exportation d’armes, qui sera totalement rétablie en 1949, quand d’autres pays feront de même.
Comme les immigrés espagnols sont nombreux en Suisse, l’opposition au régime franquiste y est importante. Pourtant, la politique du Conseil fédéral, en accord avec les positions occidentales qui redoutent une expansion du communisme, préfère laisser libre cours au régime franquiste que de risquer un basculement à gauche du gouvernement. Franco meurt en 1975 et la normalisation officielle des relations entre les deux pays se traduit par la présence d’un conseiller fédéral lors du couronnement de Juan Carlos. Le processus de démocratisation du gouvernement espagnol est long et compliqué.