De très nombreux micro-organismes vivent sous terre. En partenariat avec des vignerons romands, des biologistes de l’Unil se sont intéressés au microbiote du sol dans leurs parchets, en posant la question de l’effet des traitements «bio».
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«Un gramme de terre contient environ un milliard de bactéries, pour donner un ordre de grandeur », indique Bruna Fornasari, chercheuse FNS Junior au Département de microbiologie fondamentale de l’Unil. Sous nos pieds coexistent bien d’autres micro-organismes, comme des virus, des champignons ou des protistes, entre autres. Leurs communautés forment le microbiote du sol, important pour la vie des plantes.
Parmi ces dernières figure la vigne. Est-ce que certains traitements «bio» ont un impact sur la composition et la diversité des communautés de micro-organismes des vignobles? C’est le cadre du projet «Santé du sol: rôles clés de la biodiversité du sol pour la production biologique durable» réalisé avec le soutien d’Interface, le Fonds de soutien à la recherche partenariale de l’Unil. Des scientifiques du Pôle de recherche national (PRN) «Microbiomes», piloté par l’Unil, ont ainsi noué un partenariat avec des viticulteurs romands intéressés.
Au pied des vignes
Entamée au printemps 2024, la première partie de l’étude a consisté à caractériser des micro-organismes dans la terre au pied des vignes, à différents endroits. L’ADN récupéré a été extrait, puis séquencé en ciblant un marqueur spécifique. Un traitement informatique a permis de regrouper les séquences d’ADN identiques, afin de pouvoir ensuite les attribuer aux différents genres de micro-organismes.
Ce travail a été réalisé dans des parcelles qui ont connu des traitements «bio» de toutes sortes, afin de voir si ces derniers ont un effet en termes de biodiversité. Est-ce que le fait que celle-ci soit plus importante sur un terrain que sur un autre constitue, en soi, une bonne nouvelle? «Oui, si l’on considère la santé du sol et de la plante, estime Bruna Fornasari. Quand la diversité est grande, cela veut dire par exemple que vous aurez davantage de chance de pouvoir compter sur des redondances dans les fonctions exercées par les bactéries.»
Imaginez qu’un événement réduise la population d’une famille particulière de bactéries qui dégradent la matière organique ou fixent le carbone. D’autres familles, qui font un travail similaire, survivent et assurent les échanges avec les plantes. De plus, certains micro-organismes ont des propriétés qui aident le végétal à lutter contre les pathogènes. Il est intéressant de voir croître leurs communautés.
Les résultats de l’étude s’avèrent nuancés. Certains traitements bio ne produisent rien de mesurable en termes de changement de la composition du microbiote, alors que d’autres (notamment laisser les herbes sauvages) ont un effet significatif. De plus, «il existe énormément de variabilité dans le sol. Vous pouvez observer des communautés assez différentes à 5 mètres de distance», note Bruna Fornasari.
En 2025, deux autres études ont scruté l’action de l’inoculation de compost et de thé de compost dans les parchets de Guy Cousin, à Concise (NE). Là aussi, un impact positif en termes de biodiversité a été observé dans le microbiote du sol. Le partenariat avec l’Unil, avec laquelle le vigneron va poursuivre sa collaboration, lui a permis d’ajouter une validation scientifique à ses connaissances et intuitions de professionnel. Il s’est de plus lancé dans plusieurs projets, avec une start-up issue de l’EPFL, avec un chercheur travaillant pour le CHUV, et envisage des activités de médiation au moyen de balades dans son domaine.
