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En 1926, un coup d’état militaire renverse la république portugaise et installe un régime autoritaire, dirigé dès 1932 par António de Oliveira Salazar. Avant la Seconde Guerre mondiale, les relations entre la Suisse et le Portugal sont anecdotiques. Durant le conflit mondial, la Suisse sert d’intermédiaire incontournable entre l’Allemagne et le Portugal, ce dernier étant le principal fournisseur de tungstène à l’Allemagne. Dès lors, les relations entre le régime de Salazar (appelé “Estado Novo”) et la Confédération connaissent une forte augmentation. A la fin des années 50 deux accords portant sur les visas et la politique maritime sont signés entre les deux pays puis, en 1960, le Portugal et la Suisse font partie des signataires du traité créant l’Association européenne de libre échange (AELE). (ISCOP, 1973) Ainsi, les relations économiques se font plus importantes.
Durant la dictature, les relations diplomatiques entre le Portugal et la Suisse sont plutôt amicales. Par ailleurs, durant les guerres coloniales portugaises (1961-1973), la Suisse assure les intérêts du Portugal au Sénégal dès 1963. On peut encore noter l’opposition des autorités suisses à l’ouverture d’une enquête sur la liberté syndicale au Portugal en 1968. (ISCOP, 1973) Il est donc assez légitime de parler de complaisance des autorités suisses face au régime portugais. Le remplacement de Salazar par Marcelo Caetano à la tête du Portugal en 1968 ne modifie pas la politique du gouvernement suisse face au Portugal, qui est même l’invité du Comptoir Suisse en 1973, moins d’une année avant la chute du régime (« Révolution des œillets »). Il est important de constater que durant la dictature, la Suisse, et plus particulièrement Genève, accueillent des Portugais en exil, pour la plupart issus de l’intelligentsia. Cependant, l’immigration portugaise en Suisse reste faible et ne prendra son essor qu’à partir des années 80. (FIBBI, 2010)