{"id":9000,"date":"2018-05-24T08:19:42","date_gmt":"2018-05-24T06:19:42","guid":{"rendered":"http:\/\/wp.unil.ch\/allezsavoir\/?p=9000"},"modified":"2020-07-22T16:05:21","modified_gmt":"2020-07-22T14:05:21","slug":"microbiote-le-bestiaire-qui-nous-habite","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/wp.unil.ch\/allezsavoir\/microbiote-le-bestiaire-qui-nous-habite\/","title":{"rendered":"Microbiote, le bestiaire qui nous habite"},"content":{"rendered":"
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Lactobacillus plantarum
Ces bact\u00e9ries utiles se trouvent couramment dans la microflore des muqueuses intestinale et buccale de l\u2019Homme. Ici, une image coloris\u00e9e,\u00a0prise en microscopie \u00e9lectronique.
\u00a9Keystone\/Science Picture Library\/Dennis Kunkel<\/figcaption><\/figure>\n

M\u00eame les individus les plus solitaires d\u2019entre nous ne sont jamais seuls. L\u2019int\u00e9rieur de notre organisme est peupl\u00e9 d\u2019une faune d\u2019\u00e9l\u00e9ments \u00e9trangers. Notre intestin, notre poumon et notre peau sont colonis\u00e9s par des bact\u00e9ries, des virus et autres micro-organismes, qui forment le microbiote. Une pr\u00e9sence fort utile \u00e0 l\u2019\u00eatre humain qu\u2019elle aide \u00e0 dig\u00e9rer et \u00e0 fabriquer des vitamines et qu\u2019elle prot\u00e8ge contre des microbes pathog\u00e8nes.<\/em><\/p>\n

On peut y voir un r\u00e9el paradoxe: les \u00eatres humains, qui appartiennent \u00e0 l\u2019esp\u00e8ce la plus \u00e9volu\u00e9e au sens darwinien du terme, abritent en leur sein des milliards d\u2019organismes simples \u2013 des bact\u00e9ries, des virus, des champignons, etc. \u2013 qui sont leurs plus lointains anc\u00eatres. Les deux extr\u00e9mit\u00e9s de l\u2019arbre de l\u2019\u00e9volution coexistent, pour le plus grand b\u00e9n\u00e9fice des deux parties. C\u2019est une parfaite illustration, \u00e0 l\u2019\u00e9chelle individuelle, du \u00abvivre ensemble\u00bb, th\u00e8me choisi cette ann\u00e9e par les \u00abMyst\u00e8res de l\u2019UNIL<\/a>\u00bb, qui auront lieu les 2 et 3 juin 2018.<\/p>\n

L\u2019organisme humain abrite en effet dans l\u2019intestin, le poumon et la peau, quelque 100000 milliards de bact\u00e9ries \u2013 dix fois plus que le nombre de cellules du corps! Ce qui fait dire \u00e0 Philippe Sansonetti, professeur au Coll\u00e8ge de France \u00e0 Paris et sp\u00e9cialiste des maladies infectieuses, que \u00abl\u2019homme est un hybride primate-microbe\u00bb. \u00abOn pourrait aussi l\u2019appeler un \u00abautobus \u00e0 bact\u00e9ries\u00bb, commente en riant Philippe Moreillon, microbiologiste, professeur honoraire et ex-vice-recteur de l\u2019UNIL.<\/p>\n

Une tr\u00e8s vieille histoire<\/strong>
\nL\u2019histoire de cette association remonte \u00ab\u00e0 la nuit des temps\u00bb, constate Philippe Moreillon. Il y a trois \u00e0 quatre milliards d\u2019ann\u00e9es sont apparus sur la Terre des organismes unicellulaires, notamment les bact\u00e9ries \u00abqui se sont ensuite associ\u00e9es et plac\u00e9es l\u2019une dans l\u2019autre pour cr\u00e9er des eucaryotes, des cellules dot\u00e9es d\u2019un noyau renfermant du mat\u00e9riel g\u00e9n\u00e9tique\u00bb. Les premiers repr\u00e9sentants \u00e9taient probablement des amibes dont nous sommes les lointains descendants \u2013 et qui sont d\u2019ailleurs les anc\u00eatres de nos globules blancs.<\/p>\n

Depuis, poursuit le microbiologiste, \u00ables bact\u00e9ries ont consid\u00e9rablement \u00e9volu\u00e9 et elles ont colonis\u00e9 pratiquement toutes les niches \u00e9cologiques du monde\u00bb. Y compris les hominid\u00e9s, dans l\u2019organisme desquels elles se sont introduites pour \u00abtrouver de la nourriture\u00bb, avant de s\u2019y installer.<\/p>\n

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Sara Mitri
Professeure assistante au D\u00e9partement de microbiologie fonda\u00admentale (Facult\u00e9 de biologie et de m\u00e9decine).
Nicole Chuard \u00a9 UNIL<\/figcaption><\/figure>\n

Une relation de mutualisme<\/strong>
\nLes microbes et leurs h\u00f4tes ont ensuite \u00e9volu\u00e9 de concert et ils coexistent sans heurt. Les bact\u00e9ries se montrent inoffensives. Quant \u00e0 notre syst\u00e8me immunitaire, il ne les combat pas car, d\u00e8s les premiers mois de la vie, \u00abil a appris \u00e0 les tol\u00e9rer. Il est d\u2019ailleurs int\u00e9ressant de constater, ajoute le professeur honoraire, qu\u2019elles \u00e9duquent notre immunit\u00e9 \u00e0 s\u00e9parer le bon grain de l\u2019ivraie, \u00e0 savoir les bonnes bact\u00e9ries des pathog\u00e8nes, plut\u00f4t que de d\u00e9clencher une r\u00e9action de d\u00e9fense.\u00bb<\/p>\n

Entre l\u2019\u00eatre humain et ses micro-organismes, il ne s\u2019agit pas pour autant de symbiose, car cela signifierait que les deux partenaires ne peuvent pas se passer l\u2019un de l\u2019autre alors qu\u2019en fait, \u00abnous sommes d\u00e9pendants de notre microbiote, mais nous pouvons quand m\u00eame vivre sans lui\u00bb. Philippe Moreillon pr\u00e9f\u00e8re donc parler de \u00abmutualisme\u00bb.<\/p>\n

Chacun y trouve son compte. Les bact\u00e9ries puisent dans nos organes les nutriments et tissus qui leur permettent de prolif\u00e9rer. En contrepartie, elles contribuent au maintien de notre sant\u00e9. Elles nous prot\u00e8gent en effet contre les infections, \u00abpar effet de niche\u00bb, selon la loi du premier occupant qui, une fois install\u00e9 dans notre corps, emp\u00eache les intrus d\u2019y p\u00e9n\u00e9trer.<\/p>\n

Quant aux micro-organismes de la flore intestinale, comme on a longtemps appel\u00e9 le microbiote \u2013 ils font plus encore. Ils d\u00e9gradent les fibres v\u00e9g\u00e9tales que l\u2019on ne pourrait pas dig\u00e9rer sans eux. Sans compter qu\u2019ils \u00abfabriquent aussi certaines vitamines et interviennent dans la maturation du syst\u00e8me immunitaire\u00bb, ajoute le microbiologiste.<\/p>\n

Comp\u00e9tition et coop\u00e9ration entre bact\u00e9ries<\/strong>
\nOn aurait tendance \u00e0 consid\u00e9rer ce microbiote comme un amas, plus ou moins passif, de micro-organismes. Mais il n\u2019en est rien. Qu\u2019elles appartiennent \u00e0 des esp\u00e8ces diff\u00e9rentes ou \u00e0 la m\u00eame, les bact\u00e9ries peuvent \u00abentrer en comp\u00e9tition pour l\u2019acc\u00e8s \u00e0 la nourriture\u00bb, souligne Sara Mitri, professeure assistante au D\u00e9partement de microbiologie fondamentale<\/a> de l\u2019UNIL. Elles peuvent aussi coop\u00e9rer, \u00abpar exemple en d\u00e9gradant des prot\u00e9ines afin d\u2019aider leurs cong\u00e9n\u00e8res \u00e0 les absorber\u00bb. Des chercheurs am\u00e9ricains et britanniques ont ainsi constat\u00e9 que les Bacteroides<\/em>, qui forment le groupe le plus important des bacilles Gram n\u00e9gatifs de l\u2019intestin, dig\u00e8rent les polysaccharides non \u00e0 leur propre profit, mais \u00e0 celui de leurs voisines.<\/p>\n

En outre, les bact\u00e9ries \u00abcommuniquent entre elles en s\u00e9cr\u00e9tant certaines mol\u00e9cules que les autres peuvent capter, pr\u00e9cise Sara Mitri. Cela leur permet notamment de \u201csentir\u201d leur environnement. Par exemple, avant de p\u00e9n\u00e9trer dans l\u2019intestin, des salmonelles pathog\u00e8nes \u00e9changent des signaux leur permettant de savoir si elles sont assez nombreuses pour partir \u00e0 l\u2019attaque sans se faire d\u00e9truire par les d\u00e9fenses immunitaires.\u00bb Certains chercheurs \u00abavancent m\u00eame l\u2019id\u00e9e que les bact\u00e9ries partageraient un langage commun, mais ce n\u2019est qu\u2019une th\u00e9orie\u00bb, pr\u00e9cise la chercheuse.<\/p>\n

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Philippe Moreillon et Philipp Engel
Professeur honoraire et professeur assistant au D\u00e9partement de micro\u00adbiologie fondamentale.
Nicole Chuard \u00a9 UNIL<\/figcaption><\/figure>\n

Colonisation lors de l\u2019accouchement<\/strong>
\nC\u2019est au moment o\u00f9 il na\u00eet que l\u2019\u00eatre humain acquiert son microbiote. Au cours de l\u2019accouchement, le nouveau-n\u00e9 qui s\u2019\u00e9tait jusque-l\u00e0 d\u00e9velopp\u00e9 in utero dans un milieu st\u00e9rile, \u00abse colonise au contact de la flore du p\u00e9rin\u00e9e de sa m\u00e8re\u00bb, souligne Philippe Moreillon. Cela pose d\u2019ailleurs la question des enfants n\u00e9s par c\u00e9sarienne dont le microbiote est moins riche que celui des poupons n\u00e9s par voie basse, ce qui pourrait les rendre plus tard plus susceptibles d\u2019avoir de l\u2019asthme, des allergies ou des diarrh\u00e9es.<\/p>\n

Quoi qu\u2019il en soit, durant les premi\u00e8res ann\u00e9es de sa vie, l\u2019enfant enrichit son microbiote au contact des bact\u00e9ries pr\u00e9sentes dans l\u2019environnement. \u00ab?Il a h\u00e9rit\u00e9 d\u2019une partie du syst\u00e8me immunitaire de sa m\u00e8re, ce qui lui permet, pendant qu\u2019il construit le sien, de s\u00e9lectionner les micro-organismes utiles?\u00bb, explique le professeur honoraire.<\/p>\n

Les bact\u00e9ries influencent nos odeurs corporelles<\/strong>
\nChaque individu acquiert ainsi son propre microbiote, qui, \u00e0 l\u2019instar d\u2019une empreinte digitale, est unique. Comme l\u2019odeur corporelle \u00e0 laquelle participe grandement notre flore cutan\u00e9e. A ce sujet, Philippe Moreillon rappelle les \u00e9tudes faites, il y a une vingtaine d\u2019ann\u00e9es, par Claus Wedekind, qui \u00e9tait alors biologiste \u00e0 l\u2019Universit\u00e9 de Berne avant de venir \u00e0 l\u2019UNIL. \u00abApr\u00e8s avoir fait sentir \u00e0 des \u00e9tudiantes des T-shirts port\u00e9s par des jeunes gens, le chercheur avait constat\u00e9 que les femmes \u00e9taient attir\u00e9es par les hommes ayant un syst\u00e8me immunitaire, donc un bagage g\u00e9n\u00e9tique, tr\u00e8s diff\u00e9rent du leur.\u00bb En ce sens, commente l\u2019ancien vice-recteur, \u00abon est tent\u00e9 de dire que nos microbes participent \u00e0 nos relations sociales, ce qui est assez amusant.\u00bb<\/p>\n

Comme notre apparence ou notre personnalit\u00e9, notre microbiote \u00abse modifie toutefois tout au long de notre vie, en fonction de notre alimentation et des environnements dans lesquels nous vivons\u00bb. Mais aussi durant nos voyages. Il semble en effet que, \u00abdans les communaut\u00e9s bact\u00e9riennes, il existe comme un rythme qui changerait quand on franchit plusieurs fuseaux horaires\u00bb, ajoute Sara Mitri. A croire que les microbes seraient, eux aussi, atteints de jetlag.<\/p>\n

D\u00e9s\u00e9quilibres du microbiote et maladies<\/strong>
\nLe microbiote est constitu\u00e9 de \u00abplusieurs centaines d\u2019esp\u00e8ces de micro-organismes\u00bb, note Philippe Moreillon. La richesse et la diversit\u00e9 de ce bestiaire, ainsi que l\u2019abondance de certaines populations bact\u00e9riennes, sont les garantes de notre sant\u00e9. Certes, on est encore incapable de d\u00e9finir ce que serait une flore normale ou id\u00e9ale. Toutefois, son appauvrissement ou un d\u00e9s\u00e9quilibre de sa composition serait impliqu\u00e9 dans diff\u00e9rentes maladies.<\/p>\n

La rupture de l\u2019harmonie entre les composants du microbiote intestinal, le plus largement \u00e9tudi\u00e9, a par exemple \u00e9t\u00e9 associ\u00e9e \u00e0 l\u2019ob\u00e9sit\u00e9. L\u2019analyse des mati\u00e8res f\u00e9cales de personnes en surpoids a en effet r\u00e9v\u00e9l\u00e9 que leur flore intestinale \u00e9tait diff\u00e9rente de celle du reste de la population. Des chercheurs am\u00e9ricains ont par ailleurs r\u00e9ussi \u00e0 faire grossir des souris minces simplement en leur transplantant le microbiote de leurs cong\u00e9n\u00e8res ob\u00e8ses. La composition de la faune microbienne a aussi un impact sur le d\u00e9veloppement du diab\u00e8te, ou encore de maladies inflammatoires chroniques de l\u2019intestin. Chez les individus souffrant de la maladie de Crohn, on a en effet constat\u00e9 l\u2019absence, ou la sous-repr\u00e9sentation, de certaines esp\u00e8ces bact\u00e9riennes ayant un r\u00f4le anti-inflammatoire. D\u2019ailleurs, pr\u00e9cise Philippe Moreillon, \u00abon pratique maintenant des transplantations f\u00e9cales, afin de r\u00e9tablir l\u2019\u00e9quilibre du microbiote de patients atteints de colite \u00e0 Clostridium difficile et cela donne de bons r\u00e9sultats\u00bb.<\/p>\n

Ces microbes influencent notre sant\u00e9<\/strong>
\nPour autant, le microbiologiste reste prudent quant au r\u00f4le de la flore dans le d\u00e9veloppement de ces maux dans lequel \u00abl\u2019h\u00f4te joue un r\u00f4le important. En outre, il est difficile de savoir si le d\u00e9r\u00e8glement du microbiote est la cause du probl\u00e8me ou sa cons\u00e9quence.\u00bb Par ailleurs, du fait de son abondance, on ne dispose pas encore d\u2019une vision globale du microbiote. Pour \u00e9tudier sa composition, on a recours au s\u00e9quen\u00e7age de l\u2019ensemble des bact\u00e9ries. Mais alors, constate Sara Mitri, \u00abon m\u00e9lange tout. C\u2019est comme si on ramassait de grandes surfaces de la jungle dans un seul \u00e9chantillon en consid\u00e9rant que tous les organismes qui s\u2019y trouvent vivent ensemble. Or l\u2019intestin est tr\u00e8s long et il est possible que les diverses esp\u00e8ces occupent des niches diff\u00e9rentes.\u00bb<\/p>\n

M\u00eame si, depuis quelques d\u00e9cennies, il fait l\u2019objet d\u2019un immense engouement dans le monde scientifique et m\u00e9dical, le microbiote n\u2019a encore livr\u00e9 que quelques-uns de ses secrets et il est encore trop t\u00f4t pour pouvoir pr\u00e9venir ou traiter des troubles en le modifiant. Par exemple en adaptant son alimentation. Mais une chose est certaine: ces microbes influencent notre sant\u00e9. Une raison de plus pour veiller \u00e0 utiliser les antibiotiques, qui d\u00e9r\u00e8glent la flore, avec parcimonie.<\/p>\n

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