{"id":8115,"date":"2017-05-11T08:16:31","date_gmt":"2017-05-11T06:16:31","guid":{"rendered":"http:\/\/wp.unil.ch\/allezsavoir\/?p=8115"},"modified":"2020-07-23T10:29:52","modified_gmt":"2020-07-23T08:29:52","slug":"il-reste-des-especes-damphibiens-a-decouvrir-en-suisse","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/wp.unil.ch\/allezsavoir\/il-reste-des-especes-damphibiens-a-decouvrir-en-suisse\/","title":{"rendered":"Il reste des esp\u00e8ces d’amphibiens \u00e0 d\u00e9couvrir en Suisse"},"content":{"rendered":"
\"\"
Rainette verte. Prot\u00e9g\u00e9e en Suisse car menac\u00e9e, Hyla arborea s\u2019est m\u00eal\u00e9e avec la rainette verte italienne Hyla intermedia, qui lui ressemble physiquement. L\u2019hybride produit semble tr\u00e8s peu viable. @ iStock<\/figcaption><\/figure>\n

Derri\u00e8re chaque grenouille suisse se camoufle, peut-\u00eatre, un \u00abalien\u00bb. Autrement dit, une esp\u00e8ce invasive qui n\u2019a rien \u00e0 faire dans nos mares. C\u2019est du moins ce qu\u2019ont d\u00e9couvert des chercheurs du D\u00e9partement d\u2019\u00e9cologie et \u00e9volution de l\u2019UNIL, o\u00f9 la g\u00e9n\u00e9tique permet de mettre au jour des amphibiens insoup\u00e7onn\u00e9s jusqu\u2019\u00e0 aujourd\u2019hui. Et d\u2019expliquer le brusque d\u00e9clin d\u2019esp\u00e8ces locales, surtout dans le canton de Vaud.<\/em><\/p>\n

Une rainette peut en cacher une autre, un triton cr\u00eat\u00e9 aussi. M\u00eame une petite grenouille verte est capable de masquer sa v\u00e9ritable identit\u00e9. C\u2019est la g\u00e9n\u00e9tique qui le dit. Christophe Dufresnes et Sylvain Dubey, docteurs en biologie \u00e0 l\u2019UNIL, ont en effet d\u00e9couvert qu\u2019il existait en Suisse des esp\u00e8ces de batraciens inattendues et qu\u2019on les confondait bien plus souvent qu\u2019on l\u2019imagine avec les esp\u00e8ces locales. Un fait des plus ennuyeux, car les grenouilles, les crapauds et les tritons sont tr\u00e8s menac\u00e9s. Ils risquent m\u00eame de dispara\u00eetre.<\/p>\n

Une mauvaise nouvelle donc: on a rep\u00e9r\u00e9 qu\u2019on avait pris des mesures qui prot\u00e8gent des esp\u00e8ces invasives quand on pensait soutenir les locales. Pour une bonne: la g\u00e9n\u00e9tique d\u00e9montre qu\u2019il reste \u00e0 d\u00e9tecter de nombreuses esp\u00e8ces d\u2019amphibiens encore inconnues. Et cela partout dans le monde. A la mani\u00e8re de Mulder et Scully dans la s\u00e9rie t\u00e9l\u00e9 des ann\u00e9es 90 The X-Files \u2013 une comparaison malicieuse imagin\u00e9e par Christophe Dufresnes \u2013 les deux chercheurs ont men\u00e9 des enqu\u00eates entre Suisse et Asie. Et ont conclu que la v\u00e9rit\u00e9 \u00e9tait ailleurs. S\u00e9quen\u00e7age et autopsie des aliens.<\/p>\n

Petite grenouille verte vs 4 redoutables aliens<\/strong>
\nEn homme de terrain, Sylvain Dubey, privat-docent au DEE et chef de projet chez Hintermann & Weber \u00e0 Montreux (\u00able plus grand bureau de Suisse en terme de conseil en Environnement\u00bb) s\u2019est un jour dit que les variations de couleur qu\u2019il observait chez les petites grenouilles vertes \u00e9taient un indice permettant peut-\u00eatre d\u2019identifier d\u2019autres esp\u00e8ces. \u00abLa petite grenouille verte \u00e9tait en d\u00e9clin et, tout \u00e0 coup, on a remarqu\u00e9 qu\u2019il y en avait plus dans l\u2019est de la Suisse, sans comprendre pourquoi. Jamais personne n\u2019avait regard\u00e9 sa g\u00e9n\u00e9tique parce qu\u2019on pensait simplement qu\u2019elle \u00e9tait de chez nous, explique le docteur en biologie, \u00e9galement correspondant r\u00e9gional du KARCH (Centre Suisse de Coordination pour la Protection des Amphibiens et Reptiles de Suisse). J\u2019ai donc attrap\u00e9 quelques individus, j\u2019ai s\u00e9quenc\u00e9 leur ADN et je me suis rendu compte qu\u2019il y avait en fait trois esp\u00e8ces.\u00bb<\/p>\n

En effet, plut\u00f4t que de ne trouver que la grenouille de Lessona (Pelophylax lessonae<\/em>), notre esp\u00e8ce indig\u00e8ne, Sylvain Dubey a aussi d\u00e9tect\u00e9 des \u00e9chantillons de la grenouille de Berger (Pelophylax bergeri<\/em>), une italienne invasive. \u00abComme il y a peu d\u2019isolation g\u00e9n\u00e9tique entre ces deux esp\u00e8ces, lorsqu\u2019elles s\u2019hybrident, tout se m\u00e9lange.\u00bb Pire encore? le chercheur, avec l\u2019aide de son coll\u00e8gue Christophe Dufresnes, a constat\u00e9 que les grenouilles de Lessona et de Berger peuvent s\u2019hybrider avec les trois esp\u00e8ces de grenouilles rieuses pr\u00e9sentes en Suisse, \u00e0 savoir Pelophylax ridibundu<\/em>s, venue de l\u2019est de l\u2019Europe, Pelophylax kurtmuelleri<\/em>, des Balkans, et Pelophylax bedriagae<\/em>, de Turquie.<\/p>\n

Les m\u00e2les pr\u00e9f\u00e8rent les grosses<\/strong>
\n\u00abOn n\u2019a aucune id\u00e9e de comment est arriv\u00e9e la grenouille de Berger en Suisse. En revanche, les grenouilles rieuses ont \u00e9t\u00e9 introduites pour la consommation de leurs cuisses g\u00e9n\u00e9reuses il y a environ cinquante ans.\u00bb Les m\u00e2les grenouilles de Lessona et de Berger, qui mesurent environ 5 cm, sont attir\u00e9s par les grosses femelles, qui sont cens\u00e9es pondre plus d\u2019\u0153ufs. Ils se font ainsi berner par les formes all\u00e9chantes des femelles rieuses (jusqu\u2019\u00e0 17 cm), terriblement voraces, aptes \u00e0 chasser sous l\u2019eau, \u00e0 d\u00e9vorer un oiseau ou une couleuvre. Donc dangereuses pour les autres esp\u00e8ces.<\/p>\n

\u00abLe probl\u00e8me avec elles, c\u2019est que, quand elles s\u2019hybrident avec la grenouille de Lessona ou de Berger, les g\u00e9nomes ne se m\u00e9langent pas. On assiste \u00e0 une hybridogen\u00e8se: la naissance d\u2019une sorte de \u00abnouvelle esp\u00e8ce\u00bb. Lorsqu\u2019elle se reproduit, le g\u00e9nome de la grenouille de Lessona ou de Berger est \u00e9vinc\u00e9. On se dirige donc vers l\u2019exclusion de notre grenouille indig\u00e8ne.\u00bb<\/p>\n

Le biologiste pr\u00e9cise qu\u2019apr\u00e8s cette d\u00e9couverte, le statut de Lessona, consid\u00e9r\u00e9e comme vuln\u00e9rable aujourd\u2019hui et sur la liste rouge des amphibiens menac\u00e9s de Suisse, risque de changer. \u00abElle va sans doute devenir en danger d\u2019extinction critique. Tout devrait \u00eatre remis \u00e0 jour en 2018. Dans le nord des Alpes, il ne reste qu\u2019une population dans la vall\u00e9e de Joux. Si on ne met pas en place de fortes mesures de conservation, elle va dispara\u00eetre.\u00bb<\/p>\n

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Christophe Dufresnes et Sylvain Dubey. Docteurs en biologie de l\u2019UNIL. Post-doctorant \u00e0 l\u2019Universit\u00e9 de Sheffield et privat-docent au D\u00e9partement d\u2019\u00e9cologie et \u00e9volution. Nicole Chuard \u00a9 UNIL<\/figcaption><\/figure>\n

Les tritons cr\u00eat\u00e9s europ\u00e9ens ne sont pas seuls<\/strong>
\nEn 2002, Sylvain Dubey arpentait le Bois de Ch\u00eanes \u00e0 Genolier \u00e0 la recherche de tritons cr\u00eat\u00e9s europ\u00e9ens (Triturus cristatus<\/em>) quand il est tomb\u00e9 sur un \u00absp\u00e9cimen bizarre\u00bb. Apr\u00e8s avoir fourni quelques \u00e9chantillons au Laboratoire de biologie de la conservation de l\u2019UNIL, il a laiss\u00e9 l\u2019\u00e9quipe du professeur Luca Fumagalli se charger des analyses g\u00e9n\u00e9tiques. Christophe Dufresnes a finalis\u00e9 le travail r\u00e9cemment. L\u2019\u00e9tude s\u2019est \u00e9tendue de La C\u00f4te au Chablais, \u00e0 Saint-Triphon.<\/p>\n

R\u00e9sultat: un certain triton cr\u00eat\u00e9 italien (Triturus carnifex<\/em>), pr\u00e9sent dans le sud des Alpes, a remplac\u00e9 le local. \u00abA Gen\u00e8ve, la probl\u00e9matique est connue depuis longtemps, souligne Sylvain Dubey. On sait que des chercheurs en ont rel\u00e2ch\u00e9 il y a plusieurs dizaines d\u2019ann\u00e9es. Maintenant, le carnifex italien s\u2019est implant\u00e9 dans tout l\u2019arc l\u00e9manique. Le seul endroit o\u00f9 on a retrouv\u00e9 des tritons cr\u00eat\u00e9s europ\u00e9ens, c\u2019est dans le Chablais.\u00bb Toutefois, la troisi\u00e8me correction du Rh\u00f4ne (Rh\u00f4ne 3) inqui\u00e8te le biologiste. \u00abLes nouvelles zones alluviales seront superbes pour la faune, mais risquent d\u2019avoir un impact n\u00e9gatif sur la population de tritons cr\u00eat\u00e9s europ\u00e9ens.\u00bb<\/p>\n

Les deux esp\u00e8ces de tritons cr\u00eat\u00e9s s\u2019hybrident, bien que g\u00e9n\u00e9tiquement diff\u00e9rents, au d\u00e9triment de l\u2019europ\u00e9en. \u00abMorphologiquement, on obtient des individus interm\u00e9diaires. Puis, petit \u00e0 petit, l\u2019italien prend le dessus g\u00e9n\u00e9tiquement. A la fin, il ne s\u2019agit plus d\u2019hybrides, mais d\u2019italiens. On peut parler de pollution g\u00e9n\u00e9tique.\u00bb Ainsi, le triton cr\u00eat\u00e9 europ\u00e9en est tr\u00e8s menac\u00e9 en Suisse, remplac\u00e9 peu \u00e0 peu par un carnifex capable de faire sa niche n\u2019importe o\u00f9. \u00abIl pourrait m\u00eame se maintenir dans une gouille!\u00bb<\/p>\n

Lors de la r\u00e9alisation de son master, Sylvain Dubey s\u2019est frott\u00e9 aux rainettes des Grangettes. Cette r\u00e9serve naturelle abrite une faune incroyable, dont de nombreux amphibiens. \u00abJ\u2019ai r\u00e9alis\u00e9 du s\u00e9quen\u00e7age ADN mitochondrial, qui donne une lign\u00e9e maternelle puisque les mitochondries sont transport\u00e9es par les femelles. Gr\u00e2ce aux analyses g\u00e9n\u00e9tiques, j\u2019ai remarqu\u00e9 la pr\u00e9sence de rainettes vertes italiennes (Hyla intermedia<\/em>) au lieu des attendues rainettes vertes du Plateau suisse (Hyla arborea<\/em>). Christophe Dufresnes a pouss\u00e9 les analyses plus loin et a d\u00e9couvert qu\u2019il s\u2019agissait en fait d\u2019une population totalement hybride.\u00bb<\/p>\n

Horreur: bien que ces deux esp\u00e8ces de rainettes se ressemblent comme des jumelles, elles sont aussi \u00e9loign\u00e9es g\u00e9n\u00e9tiquement que l\u2019homme et le chimpanz\u00e9. \u00abTr\u00e8s divergentes, les hybrides ne sont probablement pas saines du tout. On suppose une incompatibilit\u00e9 g\u00e9n\u00e9tique. De ce fait, l\u2019an pass\u00e9, on n\u2019a pas entendu de chanteurs rainettes aux Grangettes durant la p\u00e9riode des amours. Ce qui prouverait que l\u2019esp\u00e8ce s\u2019est \u00e9teinte. L\u2019hybridation les a tu\u00e9es, mais pas seulement. Elles ont aussi mal surv\u00e9cu aux variations du niveau du L\u00e9man.\u00bb<\/p>\n

Quand vient la nuit, les m\u00e2les chantent<\/strong>
\nLa rainette est prot\u00e9g\u00e9e en Suisse, car sa population a baiss\u00e9 de 70% en cinquante ans. Cependant, on peut encore \u00e9couter des Hyla arborea<\/em> \u00e0 Lavigny qui abrite la plus importante population helv\u00e9tique. \u00abLes amphibiens se reproduisent en lek<\/em> durant la nuit, pr\u00e9cise Christophe Dufresnes, sp\u00e9cialiste de l\u2019\u00e9volution et de la conservation des amphibiens. Cela veut dire que les m\u00e2les se r\u00e9unissent \u00e0 la mare et chantent en ch\u0153ur. Les femelles se laissent guider par ces m\u00e9lodies pour trouver l\u2019\u00e9tang o\u00f9 il y a le plus de m\u00e2les et font ensuite leur choix.\u00bb Le biologiste de l\u2019UNIL, post-doctorant \u00e0 l\u2019Universit\u00e9 de Sheffield en Angleterre depuis quelques mois gr\u00e2ce \u00e0 une bourse du Fonds National Suisse, indique que, selon diverses \u00e9tudes, ce n\u2019est pas forc\u00e9ment celui qui chante le mieux qui est \u00e9lu, mais celui qui est suffisamment endurant pour r\u00e9p\u00e9ter l\u2019op\u00e9ration tous les soirs. \u00abC\u2019est un syst\u00e8me qui permet d\u2019optimiser les aptitudes de la population en s\u00e9lectionnant les meilleurs individus.\u00bb<\/p>\n

Diversit\u00e9 g\u00e9n\u00e9tique<\/strong>
\nSa th\u00e8se sur l\u2019\u00e9volution du chromosome sexuel chez les rainettes europ\u00e9ennes \u2013qui a re\u00e7u le Prix d\u2019excellence en biologie animale du professeur Henri-A. Guenin en 2015 \u2013 a entre autres permis de comprendre pourquoi, chez les rainettes, le chromosome Y n\u2019est pas d\u00e9g\u00e9n\u00e9r\u00e9 comme chez l\u2019homme. L\u2019\u00e9tude traite de 50 millions d\u2019ann\u00e9es d\u2019\u00e9volution. \u00abEn regardant aussi le g\u00e9nome, j\u2019ai r\u00e9ussi \u00e0 avoir pas mal d\u2019informations sur l\u2019histoire \u00e9volutive des rainettes en g\u00e9n\u00e9ral: comment les diff\u00e9rentes esp\u00e8ces se sont cr\u00e9\u00e9es, l\u2019impact des glaciations, l\u00e0 o\u00f9 on trouve le plus de diversit\u00e9, comment elles s\u2019hybrident, etc. Cela a donn\u00e9 des id\u00e9es sur la conservation de la rainette.\u00bb Elles para\u00eetraient moins menac\u00e9es dans les r\u00e9gions o\u00f9 elles ont le plus de diversit\u00e9 g\u00e9n\u00e9tique. Pourquoi? \u00abParce qu\u2019elles s\u2019y sont maintenues plus longtemps et ont eu plus de temps pour g\u00e9n\u00e9rer de la diversit\u00e9 et s\u2019adapter localement. Dans les endroits o\u00f9 elles ne sont install\u00e9es que depuis 15 000 ans apr\u00e8s la glaciation, comme en Suisse, elles sont g\u00e9n\u00e9tiquement pauvres et plus vuln\u00e9rables.\u00bb<\/p>\n

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Rainette verte italienne. A la R\u00e9serve des Grangettes, Hyla intermedia s\u2019est hybrid\u00e9e avec la rainette verte de chez nous. \u00a9 Shutterstock<\/figcaption><\/figure>\n

Toute la v\u00e9rit\u00e9 sur les rainettes du Japon<\/strong>
\nLe sp\u00e9cialiste des rainettes aime \u00e0 raconter que ces jolies grenouilles vertes viennent d\u2019Am\u00e9rique. \u00abElles ont colonis\u00e9 le continent par le d\u00e9troit de B\u00e9ring une premi\u00e8re fois il y a \u00e0 peu pr\u00e8s 40 millions d\u2019ann\u00e9es, puis une deuxi\u00e8me vague est arriv\u00e9e 20 millions d\u2019ann\u00e9es plus tard. Ce qui fait qu\u2019en Asie, on trouve des esp\u00e8ces tr\u00e8s diff\u00e9rentes les unes des autres, parce qu\u2019elles sont issues de deux vagues de colonisation. Du coup, certaines esp\u00e8ces de rainettes asiatiques sont plus proches des europ\u00e9ennes que d\u2019autres esp\u00e8ces asiatiques, alors qu\u2019elles ne se sont plus crois\u00e9es depuis plus de 20 millions d\u2019ann\u00e9es.\u00bb<\/p>\n

Durant son doctorat sur les esp\u00e8ces europ\u00e9ennes, Christophe Dufresnes a travaill\u00e9 sur des \u00e9chantillons de rainettes asiatiques \u00abpour enraciner leur arbre g\u00e9n\u00e9alogique, savoir o\u00f9 les individus \u00e9tudi\u00e9s se situent par rapport au reste, faire une sorte de contr\u00f4le\u00bb. Contre toute attente, le chercheur a d\u00e9couvert une incroyable diversit\u00e9 g\u00e9n\u00e9tique dans les pr\u00e9l\u00e8vements re\u00e7us de rainettes japonaises. Distribu\u00e9e sur l\u2019archipel nippon et sur le continent, de la Cor\u00e9e du sud \u00e0 la Sib\u00e9rie orientale, la rainette dite du Japon (Hyla japonica<\/em>) ne formerait pas une, mais deux, voire trois esp\u00e8ces diff\u00e9rentes, inconnues jusqu\u2019\u00e0 ce jour. \u00abGr\u00e2ce aux \u00e9chantillons re\u00e7us de Chine, du Japon et de la Cor\u00e9e du Sud, je me suis rendu compte qu\u2019il existait deux grandes lign\u00e9es g\u00e9n\u00e9tiques, ayant diverg\u00e9 depuis au moins 5 millions d\u2019ann\u00e9es. Une sur les \u00eeles du nord du Japon, une autre sur celles du sud et sur le continent. Et en affinant, on peut m\u00eame distinguer deux lign\u00e9es g\u00e9n\u00e9tiques entre le sud et le continent.\u00bb<\/p>\n

Autre surprise: l\u2019analyse d\u2019\u00e9chantillons de rainette de Suweon (Hyla suweonensis<\/em>) de Cor\u00e9e du Sud et de Hyla immaculata<\/em> de Chine a montr\u00e9 qu\u2019il s\u2019agissait en fait de la m\u00eame esp\u00e8ce. \u00abJ\u2019\u00e9tais tr\u00e8s emb\u00eat\u00e9 pour mon coll\u00e8gue cor\u00e9en qui avait obtenu de l\u2019argent pour sauver la Suweon, tr\u00e8s menac\u00e9e. Mais les Cor\u00e9ens vont probablement garder cette esp\u00e8ce dans l\u2019imm\u00e9diat, par fiert\u00e9 et parce que les r\u00e9visions taxonomiques prennent du temps.\u00bb Car toutes ces \u00e9tudes ont une grande port\u00e9e sur la conservation des esp\u00e8ces. Dans le cas de la rainette du Japon, si l\u2019on continue \u00e0 penser qu\u2019elle se trouve partout en Asie, personne ne s\u2019inqui\u00e9tera de la prot\u00e9ger. \u00abPar contre, si on prend en compte nos r\u00e9sultats, c\u2019est-\u00e0-dire la preuve g\u00e9n\u00e9tique de la pr\u00e9sence d\u2019esp\u00e8ces diff\u00e9rentes aux distributions restreintes, on va enfin faire des efforts pour sauver les populations menac\u00e9es. D\u2019autre part, quand nous d\u00e9crivons des r\u00e9gions g\u00e9n\u00e9tiquement peu diversifi\u00e9es, cela peut \u00eatre une sonnette d\u2019alarme. Car les esp\u00e8ces d\u2019amphibiens y sont sans doute moins adapt\u00e9es et plus sensibles \u00e0 la pression humaine, notamment aux pesticides d\u00e9coulant de l\u2019agriculture intensive.\u00bb<\/p>\n

Dernier article publi\u00e9:
\nCryptic invasion of Italian pool frogs (Pelophylax bergeri) across Western Europe unraveled by multilocus phylogeography<\/em>. Dufresnes Christophe, Di Santo Lionel, Leuenberger Julien, Schuerch Johan, Mazepa Glib, Grandjean Nathalie, Canestrelli Daniele, Perrin Nicolas, Dubey Sylvain. Biological Invasions (2017).<\/p>\n

Article suivant:<\/strong>\u00a0Le crapaud accoucheur: un amphibien timide<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Derri\u00e8re chaque grenouille suisse se camoufle, peut-\u00eatre, un \u00abalien\u00bb. Autrement dit, une esp\u00e8ce invasive qui n\u2019a rien \u00e0 faire dans nos mares. C\u2019est du moins ce qu\u2019ont d\u00e9couvert des chercheurs … <\/p>\n","protected":false},"author":825,"featured_media":8036,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_seopress_robots_primary_cat":"","_seopress_titles_title":"","_seopress_titles_desc":"","_seopress_robots_index":"","footnotes":""},"categories":[718,42162],"tags":[39529],"class_list":{"0":"post-8115","1":"post","2":"type-post","3":"status-publish","4":"format-standard","5":"has-post-thumbnail","7":"category-nature","8":"category-no-66","9":"tag-virginie-jobe"},"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/wp.unil.ch\/allezsavoir\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/8115","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/wp.unil.ch\/allezsavoir\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/wp.unil.ch\/allezsavoir\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/wp.unil.ch\/allezsavoir\/wp-json\/wp\/v2\/users\/825"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/wp.unil.ch\/allezsavoir\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=8115"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/wp.unil.ch\/allezsavoir\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/8115\/revisions"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/wp.unil.ch\/allezsavoir\/wp-json\/wp\/v2\/media\/8036"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/wp.unil.ch\/allezsavoir\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=8115"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/wp.unil.ch\/allezsavoir\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=8115"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/wp.unil.ch\/allezsavoir\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=8115"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}