{"id":5347,"date":"2014-01-23T08:17:35","date_gmt":"2014-01-23T06:17:35","guid":{"rendered":"http:\/\/wp.unil.ch\/allezsavoir\/?p=5347"},"modified":"2014-01-23T10:22:28","modified_gmt":"2014-01-23T08:22:28","slug":"la-bioinformatique-un-outil-indispensable-aux-biologistes","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/wp.unil.ch\/allezsavoir\/la-bioinformatique-un-outil-indispensable-aux-biologistes\/","title":{"rendered":"La bioinformatique: un outil indispensable aux biologistes"},"content":{"rendered":"
\"Les<\/a>
Les installations informatiques du centre de comp\u00e9tences Vital-IT, au Centre int\u00e9gratif de g\u00e9nomique de l\u2019UNIL. \u00a9 DR<\/figcaption><\/figure>\n

Les recherches en biologie, et tout particuli\u00e8rement celles qui portent sur le g\u00e9nome humain, g\u00e9n\u00e8rent d\u2019\u00e9normes quantit\u00e9s de donn\u00e9es que seule l\u2019informatique est capable de stocker et d\u2019analyser. C\u2019est \u00e0 ce besoin que r\u00e9pond la bioinformatique.<\/em><\/p>\n

Il s\u2019agit d\u2019un mariage, celui de la biologie et de l\u2019informatique. Mais l\u2019union \u00abn\u2019est pas une simple cohabitation\u00bb, pr\u00e9cise d\u2019embl\u00e9e Ron Appel, directeur du SIB Institut Suisse de Bioinformatique<\/a>. Elle n\u2019est d\u2019ailleurs pas tr\u00e8s \u00e9quitable puisque le second partenaire est toujours au service du premier. Autrement dit, la bioinformatique est \u00abl\u2019utilisation de l\u2019informatique pour \u00e9tudier le vivant\u00bb, son champ d\u2019action se limitant principalement \u00abaux macromol\u00e9cules biologiques que sont les g\u00e8nes, les prot\u00e9ines, etc.\u00bb Ce n\u2019est donc pas un hasard si la direction du SIB est install\u00e9e \u00e0 l\u2019UNIL, dans le b\u00e2timent abritant le Centre Int\u00e9gratif de G\u00e9nomique (CIG).<\/p>\n

Des milliards de m\u00e9gabytes g\u00e9n\u00e9r\u00e9s chaque semaine<\/strong>
\nDifficile en effet d\u2019imaginer aujourd\u2019hui que des biologistes mol\u00e9culaires puissent se passer de puissants ordinateurs, d\u2019\u00e9normes capacit\u00e9s de m\u00e9moire, d\u2019algorithmes sophistiqu\u00e9s et des comp\u00e9tences des sp\u00e9cialistes des technologies de l\u2019information. Surtout depuis qu\u2019ils ont s\u00e9quenc\u00e9 le g\u00e9nome humain, avec ses 3 milliards de paires de bases, ses quelque 20?000 g\u00e8nes et toutes ses s\u00e9quences annexes, qualifi\u00e9es de \u00abnon codantes\u00bb. Les \u00e9tudes men\u00e9es sur le g\u00e9nome \u00abg\u00e9n\u00e8rent chaque semaine des p\u00e9tabits de donn\u00e9es\u00bb, pr\u00e9cise le directeur du SIB. En d\u2019autres termes, plusieurs milliards de m\u00e9gabytes qu\u2019il faut non seulement stocker, mais aussi analyser, voire visualiser pour leur donner du sens.<\/p>\n

Le rythme ne cesse d\u2019ailleurs de s\u2019emballer. Le premier s\u00e9quen\u00e7age d\u2019une prot\u00e9ine humaine a n\u00e9cessit\u00e9 une douzaine d\u2019ann\u00e9es de travail, alors qu\u2019aujourd\u2019hui, le s\u00e9quen\u00e7age de l\u2019ensemble du g\u00e9nome ne prend que quelques jours! \u00abLa capacit\u00e9 des s\u00e9quenceurs (appareils automatiques qui fournissent les diff\u00e9rentes s\u00e9quences de l\u2019ADN) augmente plus rapidement que celle des processeurs\u00bb, constate Ron Appel. La loi de Moore, selon laquelle la puissance des ordinateurs double tous les 18 mois, est donc surpass\u00e9e par \u00abl\u2019explosion des donn\u00e9es issues des laboratoires biom\u00e9dicaux, qui sont en outre de plus en plus nombreux \u00e0 travailler sur le g\u00e9nome\u00bb.<\/p>\n

Des probl\u00e8mes de plus en plus complexes<\/strong>
\nLe probl\u00e8me n\u2019est pas uniquement quantitatif. Il faut compter avec la complexit\u00e9 croissante des questions abord\u00e9es par les chercheurs en sciences de la vie qui obligent les bioinformaticiens \u00ab\u00e0 faire constamment \u00e9voluer les algorithmes\u00bb, pr\u00e9cise Ron Appel.<\/p>\n

Comme si cela ne suffisait pas \u00e0 occuper les bioinformaticiens, leur discipline, \u00abqui servait surtout d\u2019outil pour la recherche en sciences de la vie, est d\u00e9sormais de plus en plus utilis\u00e9e par le monde m\u00e9dical, souligne le directeur du SIB. Avec le d\u00e9veloppement de la \u00abm\u00e9decine de demain\u00bb, qui vise \u00e0 traiter les patients de mani\u00e8re plus individualis\u00e9e en tenant compte notamment de leur g\u00e9nome, les m\u00e9decins auront de plus en plus besoin de donn\u00e9es pour le diagnostic, la pr\u00e9vention, la pr\u00e9diction et le traitement\u00bb.<\/p>\n

D\u00e9j\u00e0, le SIB s\u2019est lanc\u00e9 dans l\u2019aventure m\u00e9dicale. En collaboration avec un groupe sp\u00e9cialis\u00e9 dans le diagnostic (Medisupport) et une entreprise faisant du s\u00e9quen\u00e7age (Fasteris), l\u2019institut a d\u00e9velopp\u00e9 \u00able premier test pr\u00e9natal non invasif qui permet de d\u00e9pister des trisomies chez le f\u0153tus. Mis sur le march\u00e9 en octobre dernier, ce proc\u00e9d\u00e9 analyse l\u2019ADN du sang de la m\u00e8re \u2013 qui contient aussi du mat\u00e9riel g\u00e9n\u00e9tique de son futur enfant. \u00abIl est le seul actuellement capable de d\u00e9tecter les trois formes de trisomie les plus fr\u00e9quentes et cela, avec un taux de succ\u00e8s de 99%\u00bb, souligne non sans fiert\u00e9 Ron Appel.<\/p>\n

Mise \u00e0 disposition de ressources et de comp\u00e9tences<\/strong>
\nC\u2019est donc \u00e0 de tr\u00e8s nombreux d\u00e9fis que doit r\u00e9pondre la bioinformatique, discipline n\u00e9e au d\u00e9but des ann\u00e9es 80. Un domaine dans lequel \u00abla Suisse, et tout particuli\u00e8rement l\u2019arc l\u00e9manique, ont jou\u00e9 un r\u00f4le de pionnier\u00bb, souligne Ron Appel.<\/p>\n

Le pays poursuit sur sa lanc\u00e9e, gr\u00e2ce notamment au SIB Institut Suisse de Bioinformatique qui a f\u00eat\u00e9 en 2013 son 15e anniversaire. Sa premi\u00e8re mission, explique son directeur, est de mettre \u00abdes ressources bioinformatiques de pointe \u00e0 la disposition de la communaut\u00e9 nationale et internationale des sciences du vivant\u00bb. A cette fin, l\u2019institut d\u00e9veloppe des banques de donn\u00e9es, dont la plus grande est Swiss-Prot \u2013 \u00abune v\u00e9ritable encyclop\u00e9die de prot\u00e9ines qui renferme des centaines de milliers d\u2019entr\u00e9es\u00bb. Il \u00e9labore \u00e9galement des logiciels d\u2019analyse et propose une plate-forme de services en ligne sur le web.<\/p>\n

Il offre aussi, et surtout, aux laboratoires de biologie les comp\u00e9tences de ses bioinformaticiens. \u00abActuellement une cinquantaine d\u2019entre eux, travaillant dans le centre Vital-IT<\/a> install\u00e9 au CIG de l\u2019UNIL, participent \u00e0 200 projets de recherche qui sont men\u00e9s \u00e0 l\u2019EPFL, dans les Universit\u00e9s de Lausanne et Gen\u00e8ve, mais aussi de Fribourg et de Berne.\u00bb<\/p>\n

Un mod\u00e8le de collaboration intercantonale<\/strong>
\nSubventionn\u00e9 par la Conf\u00e9d\u00e9ration, le SIB \u00aba aussi pour mission de f\u00e9d\u00e9rer la bioinformatique en Suisse, qui compte 46 groupes r\u00e9partis dans les universit\u00e9s, les EPF, les HES de sept villes de Suisse\u00bb. Ce qui ne repr\u00e9sente pas moins de 650 personnes. \u00abC\u2019est un mod\u00e8le de collaboration interinstitutionnelle et intercantonale qui est maintenant copi\u00e9 au niveau europ\u00e9en\u00bb, se r\u00e9jouit Ron Appel. Un autre exemple d\u2019union r\u00e9ussie.<\/p>\n

Lire l’article principal: Pourquoi les vrais jumeaux sont-ils l\u00e9g\u00e8rement diff\u00e9rents ?<\/em><\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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