{"id":14386,"date":"2024-10-17T08:23:00","date_gmt":"2024-10-17T06:23:00","guid":{"rendered":"https:\/\/wp.unil.ch\/allezsavoir\/?p=14386"},"modified":"2024-10-15T14:23:59","modified_gmt":"2024-10-15T12:23:59","slug":"la-suisse-abritera-une-banque-mondiale-de-selles","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/wp.unil.ch\/allezsavoir\/la-suisse-abritera-une-banque-mondiale-de-selles\/","title":{"rendered":"La Suisse abritera une banque mondiale de selles"},"content":{"rendered":"\n

L\u2019\u00e9volution de nos modes de vie a un impact surprenant: elle appauvrit le microbiote intestinal et conduit peu \u00e0 peu \u00e0 l\u2019extinction de certains de ses micro-organismes. Pour pr\u00e9server la biodiversit\u00e9 microbienne, des chercheurs de l\u2019UNIL, de Zurich et d\u2019une universit\u00e9 am\u00e9ricaine ont entrepris de rassembler des selles r\u00e9colt\u00e9es \u00e0 travers le monde et de les stocker en Suisse.<\/strong><\/p>\n\n\n\n

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Des milliards de micro-organismes vivent dans notre tube digestif. Ici, une illustration de bact\u00e9ries en forme de b\u00e2tonnets, dot\u00e9es de flagelles (des filaments qui permettent leur mobilit\u00e9). \u00a9 Alissa Eckert\u2009\/\u2009Science Photo Library<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

La perte de la biodiversit\u00e9 n\u2019affecte pas uniquement les esp\u00e8ces animales et v\u00e9g\u00e9tales qui peuplent les \u00e9cosyst\u00e8mes terrestres. Elle se manifeste aussi au sein m\u00eame de notre organisme, en particulier dans nos intestins dont la flore s\u2019appauvrit. L\u2019\u00e9volution de nos comportements \u2013 en particulier les modifications de notre r\u00e9gime alimentaire et notre \u00e9loignement de la nature \u2013 ont une cons\u00e9quence inattendue: certains micro-organismes qui forment le microbiote sont d\u00e9sormais en voie d\u2019extinction. Pour \u00abpr\u00e9server la biodiversit\u00e9 des microbiotes humains\u00bb, selon les termes de Pascale Vonaesch, professeure assistante au D\u00e9partement de microbiologie fondamentale de UNIL, il est pr\u00e9vu d\u2019en stocker des \u00e9chantillons de selles en Suisse. C\u2019est l\u00e0 l\u2019objectif du projet Microbiota Vault<\/a>, ou coffre-fort de microbiotes.<\/p>\n\n\n\n

Des milliards de micro-organismes<\/strong><\/p>\n\n\n\n

Notre tube digestif abrite un surprenant bestiaire, constitu\u00e9 des milliards de micro-organismes \u2014 des bact\u00e9ries surtout, mais aussi des virus, des champignons, etc. \u00abOn estime que ces microbes sont aussi nombreux que les cellules de notre corps\u00bb, rappelle Pascale Vonaesch. Pr\u00e8s de mille esp\u00e8ces diff\u00e9rentes peuvent s\u2019y c\u00f4toyer, mais chaque individu en poss\u00e8de, en moyenne, environ cinq cents.<\/p>\n\n\n\n

Parfois consid\u00e9r\u00e9 comme notre deuxi\u00e8me cerveau, le microbiote intestinal est un organe \u00e0 part enti\u00e8re. Apr\u00e8s avoir \u00e9t\u00e9 longtemps n\u00e9glig\u00e9, il est aujourd\u2019hui scrut\u00e9 par de nombreux scientifiques qui ne cessent de lui d\u00e9couvrir de nouvelles fonctions.<\/p>\n\n\n\n

Les microbes intestinaux, normalement inoffensifs, participent activement \u00e0 la digestion en d\u00e9gradant les fibres v\u00e9g\u00e9tales qui, sans eux, seraient indigestes. Ils produisent aussi des vitamines, ainsi que d\u2019autres substances utiles \u00e0 notre organisme. Notamment le tryptophane, un acide amin\u00e9 essentiel. Ou encore des acides gras \u00e0 cha\u00eenes courtes, ces messagers mol\u00e9culaires dont certains restent dans les intestins et contribuent \u00e0 l\u2019entretien de sa muqueuse, alors que d\u2019autres migrent dans l\u2019organisme, allant jusqu\u2019au cerveau o\u00f9 \u00abils jouent un r\u00f4le majeur\u00bb, pr\u00e9cise la microbiologiste.<\/p>\n\n\n\n

Le microbiote \u00abinteragit \u00e9galement dans la mise en place et le fonctionnement du syst\u00e8me immunitaire et il nous prot\u00e8ge des infections\u00bb, ajoute la chercheuse de l\u2019UNIL. Ses bact\u00e9ries font front contre les agents pathog\u00e8nes en occupant la place qu\u2019ils pourraient convoiter et en consommant des nutriments qui leur sont utiles. <\/p>\n\n\n\n

Ce ne sont que quelques exemples des multiples r\u00f4les que le microbiote joue dans notre organisme. Il a m\u00eame des impacts sur nos comportements. \u00abDes \u00e9tudes ont montr\u00e9 qu\u2019il peut fa\u00e7onner nos choix de nourriture en nous incitant \u00e0 pr\u00e9f\u00e9rer certains aliments. D\u2019autres travaux ont r\u00e9v\u00e9l\u00e9 que, si l\u2019activit\u00e9 physique peut modifier le microbiote, celui-ci peut \u00e0 son tour nous donner \u2013 ou pas \u2013 l\u2019envie de faire du sport.\u00bb Ce qui am\u00e8ne Pascale Vonaesch \u00e0 sugg\u00e9rer que \u00ables \u00e9changes se font dans les deux sens: le microbiote influence l\u2019humain et celui-ci influence le microbiote\u00bb.<\/p>\n\n\n

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Pascale Vonaesch. Professeur assistante au D\u00e9partement de microbiologie fondamentale (Facult\u00e9 de biologie et de m\u00e9decine).\nNicole Chuard\u2009\u00a9\u2009UNIL<\/figcaption><\/figure>\n<\/div>\n\n\n

Liens avec des maladies<\/strong><\/p>\n\n\n\n

Dans ces conditions, il n\u2019est pas \u00e9tonnant de constater que \u00abde nombreuses maladies sont li\u00e9es \u00e0 des dysbioses, comme on nomme les modifications de la composition de l\u2019\u00e9cosyst\u00e8me bact\u00e9rien\u00bb, note la chercheuse. C\u2019est le cas en particulier de l\u2019ob\u00e9sit\u00e9, de troubles neurologiques comme l\u2019autisme ou de maladies inflammatoires de l\u2019intestin.<\/p>\n\n\n\n

Le microbiote joue \u00e9galement un r\u00f4le important dans le d\u00e9veloppement d\u2019enfants souffrant de d\u00e9nutrition, comme l\u2019ont montr\u00e9 les recherches men\u00e9es par l\u2019Institut Pasteur \u00e0 Paris, dans le cadre du projet Afribiota, dont Pascale Vonaesch est coresponsable.<\/p>\n\n\n\n

Depuis 2015, les chercheurs parisiens, en collaboration avec leurs coll\u00e8gues de Madagascar et de R\u00e9publique centrafricaine, se sont int\u00e9ress\u00e9s \u00e0 un millier d\u2019enfants de ces deux pays souffrant d\u2019un retard de croissance.<\/p>\n\n\n\n

\u00abNous avons analys\u00e9 le microbiote de leur estomac, de leur duod\u00e9num (la premi\u00e8re partie de l\u2019intestin gr\u00eale) et de leurs selles. Chez plus de 75% d\u2019entre eux, nous avons observ\u00e9 une pullulation de bact\u00e9ries normalement pr\u00e9sentes dans la bouche.\u00bb Dans la mesure o\u00f9 ces derni\u00e8res freinent l\u2019absorption des lipides, comme l\u2019ont montr\u00e9 les chercheurs, il n\u2019est pas surprenant qu\u2019elles favorisent la d\u00e9nutrition des enfants.<\/p>\n\n\n\n

La globalisation appauvrit le microbiote<\/strong><\/p>\n\n\n\n

Le microbiote jouant un r\u00f4le crucial dans le fonctionnement de l\u2019organisme humain, il est d\u2019autant plus inqui\u00e9tant de constater qu\u2019il perd peu \u00e0 peu de sa diversit\u00e9. Certains de ses microbes \u2013 principalement des bact\u00e9ries \u2013 seraient en voie d\u2019extinction.<\/p>\n\n\n\n

Cela pourrait avoir de graves impacts sur la sant\u00e9. \u00abDes \u00e9tudes ont par exemple montr\u00e9 que si l\u2019on prive plusieurs g\u00e9n\u00e9rations successives de souris de produits v\u00e9g\u00e9taux, les bact\u00e9ries n\u00e9cessaires \u00e0 la digestion des fibres disparaissent de leurs microbiotes\u00bb, pr\u00e9cise Pascale Vonaesch.<\/p>\n\n\n\n

Les causes de l\u2019appauvrissement de notre flore intestinale se trouvent dans les changements de nos modes de vie. \u00abDes chercheurs am\u00e9ricains ont mis en \u00e9vidence une corr\u00e9lation entre le degr\u00e9 d\u2019industrialisation et la diversit\u00e9 du microbiote\u00bb, explique Pascale Vonaesch. Ils ont notamment montr\u00e9 que les personnes qui avaient un mode de vie traditionnel, en particulier une nourriture riche en fibres, avaient une diversit\u00e9 bact\u00e9rienne deux fois plus importante que les New-Yorkais. \u00abLeur \u00e9tude a \u00e9t\u00e9 critiqu\u00e9e, pr\u00e9cise la microbiologiste de l\u2019UNIL, car elle \u00e9tablit une dichotomie entre les pays industrialis\u00e9s et ceux qui ne le sont pas, alors que la r\u00e9alit\u00e9 est plus contrast\u00e9e. Toutefois, il est clair que la globalisation joue un r\u00f4le dans l\u2019affaire.\u00bb<\/p>\n\n\n\n

La standardisation de l\u2019alimentation, qui se traduit par une consommation accrue de denr\u00e9es transform\u00e9es au d\u00e9triment de produits v\u00e9g\u00e9taux, a des r\u00e9percussions directes sur le microbiote dont la composition d\u00e9pend des aliments ing\u00e9r\u00e9s. \u00c0 cela s\u2019ajoute l\u2019utilisation massive d\u2019antibiotiques qui tuent aussi bien les bact\u00e9ries pathog\u00e8nes que les esp\u00e8ces inoffensives peuplant les intestins, ou encore la s\u00e9dentarit\u00e9 qui a des effets n\u00e9gatifs sur la flore. <\/p>\n\n\n\n

L\u2019urbanisation fait, elle aussi, des d\u00e9g\u00e2ts. Elle nous \u00e9loigne du concept One Health<\/em> (Une seule sant\u00e9), une approche qui consid\u00e8re que le bien-\u00eatre de l\u2019\u00eatre humain, des animaux et de l\u2019environnement sont \u00e9troitement li\u00e9s. \u00abNous perdons le contact avec la nature, souligne la microbiologiste et de ce fait, nous sommes de moins en moins expos\u00e9s aux bact\u00e9ries pr\u00e9sentes dans l\u2019environnement. Nous vivons dans une bulle st\u00e9rile, ce qui a des r\u00e9percussions sur le microbiote.\u00bb<\/p>\n\n\n\n

Collecter et conserver des \u00e9chantillons de selles<\/strong><\/p>\n\n\n\n

Lorsque des esp\u00e8ces sont menac\u00e9es de disparation, on tente de les pr\u00e9server. S\u2019inspirant de No\u00e9 et de son arche, des scientifiques ont entrepris de rassembler et de conserver des sp\u00e9cimens de ces pr\u00e9cieux microbiotes.<\/p>\n\n\n\n

Pour les obtenir, il suffit de recueillir des selles dans lesquelles les microbes sont excr\u00e9t\u00e9s. Ce sont donc des \u00e9chantillons de mati\u00e8res f\u00e9cales que les chercheurs ont entrepris de collecter et de stocker en lieu s\u00fbr, dans des \u00abcoffres-forts\u00bb install\u00e9s en Suisse. C\u2019est l\u00e0 l\u2019objectif du projet Microbiota Vault.<\/p>\n\n\n\n

L\u2019initiative en revient \u00e0 Maria Gloria Dominguez-Bello et Martin Blaser. Ces deux professeurs de l\u2019Universit\u00e9 Rutgers \u00e0 Piscataway (New Jersey, \u00c9tats-Unis), ont men\u00e9 une premi\u00e8re \u00e9tude de faisabilit\u00e9. Elle a \u00e9t\u00e9 suivie par une phase pilote \u2014 qui a re\u00e7u le soutien du Programme National de Recherche \u00abMicrobiomes\u00bb \u2014 que m\u00e8ne Pascale Vonaesch avec ses coll\u00e8gues zurichois et am\u00e9ricains.<\/p>\n\n\n\n

\u00c0 ce jour, environ mille cinq cents \u00e9chantillons ont \u00e9t\u00e9 r\u00e9colt\u00e9s en Suisse par des chercheurs qui les utilisent \u00e0 des fins de recherche, mais aussi au Br\u00e9sil, en \u00c9thiopie, au Ghana et au Laos. Ces derniers pays disposent en effet de collections de selles qu\u2019ils souhaitent d\u00e9poser dans la banque.<\/p>\n\n\n\n

Les excr\u00e9ments sont congel\u00e9s sur place. Il faut faire vite, car les bact\u00e9ries se divisent tr\u00e8s rapidement, tout en agissant avec prudence, car elles peuvent \u00e9clater sous l\u2019effet du froid. \u00abC\u2019est pour cette raison que nous \u00e9tudions actuellement divers proc\u00e9d\u00e9s de cong\u00e9lation \u2014 dans l\u2019azote liquide ou par lyophilisation \u2014 afin d\u2019\u00e9laborer des protocoles que tous les scientifiques concern\u00e9s pourront appliquer\u00bb, note la microbiologiste.<\/p>\n\n\n\n

Les \u00e9chantillons sont ensuite achemin\u00e9s par cargo dans des bo\u00eetes de glace \u00e0 -80 \u00b0C jusqu\u2019en Suisse o\u00f9 ils sont pour le moment conserv\u00e9s \u00e0 l\u2019Universit\u00e9 de Zurich. L\u00e0, les microbiotes sont s\u00e9quenc\u00e9s, puis ils font l\u2019objet d\u2019une analyse biostatistique \u00e0 l\u2019\u00c9cole Polytechnique F\u00e9d\u00e9rale de Zurich (EPFZ), \u00abce qui permet de savoir quelles bact\u00e9ries sont pr\u00e9sentes et de conna\u00eetre leur abondance relative\u00bb.<\/p>\n\n\n\n

Comme dans toute collection, la derni\u00e8re \u00e9tape est l\u2019archivage. Un bio-informaticien de l\u2019EPFZ, Nicholas Bokulich, a mis en place \u00e0 cette fin un syst\u00e8me de classement \u00abqui indique o\u00f9, quand et par qui l\u2019\u00e9chantillon a \u00e9t\u00e9 r\u00e9colt\u00e9\u00bb, pr\u00e9cise Pascale Vonaesch.<\/p>\n\n\n\n

Une mine d\u2019or pour la recherche<\/strong><\/p>\n\n\n\n

\u00c0 terme, l\u2019objectif du projet Microbiota Vault est de r\u00e9colter des dizaines de milliers d\u2019\u00e9chantillons de selles dans le monde entier, car \u00ables microbiotes sont g\u00e9ographiquement tr\u00e8s diff\u00e9rents\u00bb, indique la microbiologiste. \u00abTous sont int\u00e9ressants\u00bb, ajoute-t-elle, en citant pour exemple les \u00e9chantillons venant d\u2019\u00c9thiopie qui ont \u00e9t\u00e9 recueillis aupr\u00e8s d\u2019un groupe de nomades vivant avec leurs animaux. \u00abCes personnes se nourrissent essentiellement de bl\u00e9 et de lait de chameau et consomment tr\u00e8s peu de produits v\u00e9g\u00e9taux. Leurs microbiotes sont peu diversifi\u00e9s et tr\u00e8s diff\u00e9rents de ceux que l\u2019on trouve \u00e0 travers le monde.\u00bb Pascale Vonaesch y voit la preuve \u00abqu\u2019il ne faut pas g\u00e9n\u00e9raliser l\u2019opposition entre r\u00e9gions industrialis\u00e9es et non industrialis\u00e9es\u00bb.<\/p>\n\n\n\n

Il reste \u00e0 trouver un site \u2014 dans les Alpes suisses ou ailleurs \u2014 pour stocker ce tr\u00e9sor g\u00e9n\u00e9tique. Une mine d\u2019or pour la recherche, mais aussi peut-\u00eatre pour la m\u00e9decine du futur. \u00abSi un jour une bact\u00e9rie disparaissait, il sera peut-\u00eatre possible de l\u2019extraire des \u00e9chantillons conserv\u00e9s et de la cultiver, afin de l\u2019utiliser dans un traitement.\u00bb<\/p>\n\n\n\n

Toutefois, aucune entreprise priv\u00e9e ne pourra puiser dans cette richesse microbienne, \u00absans en demander l\u2019autorisation aux chercheurs qui ont d\u00e9pos\u00e9 les \u00e9chantillons dans la banque, et \u00e0 leur pays, qui en reste propri\u00e9taire\u00bb, insiste la microbiologiste de l\u2019UNIL. Le Microbiota Vault est bien un coffre-fort, mais \u00e0 but non lucratif. <\/p>\n\n\n\n

Article suivant: La vie cach\u00e9e des microbes <\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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